Wer den Wohnsitz im Kanton Glarus hat, muss seinen Schiffsführerausweises zwingend im Kanton St. Gallen erwerben. Zuständig ist das Schifffahrtsamt des Kantons St. Gallen, welches die Führerprüfungen abnimmt.

Die Theorieprüfung kann nur in den Prüfstellen Kaltbrunn, Mels, Rorschach oder St. Gallen-Winkeln abgelegt werden. Die praktische Prüfung findet ab Unterterzen statt.